Внутренние убранства Базилики достаточно сдержаны. Главный алтарь украшен позолоченными образами и статуями. Сакристия (ризница) создана из мрамора и яшмы, с четырьмя бронзовыми панно, изображающими жизнеописание святого Франсиска. Серебряная рака в итальянско-индийском стиле с мощами святого увенчана крестом с двумя ангелами. Через небольшие застекленные оконца можно разглядеть святые мощи Франсиска - его голову и руку. Внутри Собора заслуживают внимания Часовня св. Причастия, Алтарь Богоматери и св. Михаила, а также деревянная кафедра с прекрасными резными фигурами Иисуса и Евангелистов.
