В самом начале своего покорения Гоа в 16 веке, португальские захватчики обосновались в районе Тисвади, концентрируясь вокруг своей столицы того времени - города Олд Гоа. Для защиты входа в устье реки Мандови и бухты Мормугао от нападений вражеских войск и флотов, в 1624 году они начали возводить на высоком южном берегу бухты, с которого на многие километры в обоих направлениях просматривается прибрежный участок Аравийского моря, небольшое пока ещё укрепление. Первый камень в основание фундамента был заложен в апреле месяце лично губернатором Гоа Доном Франсиско да Гамой.
Между 1640 и 1643 годами форт Мормугао подвергся тяжёлой осаде голландского флота, но выстоял. При этом два голландских корабля прошли по реке Мандови аж до самого Олд Гоа, изрядно напугав его обитателей.
После разрушительного вторжения войск Самбхаджи в 1683 году, во время которого лишь одновременное появление полчищ императора Аурангзеба в Махараштре спасло португальцев от казавшейся неминуемой сдачи Гоа, губернатор Дон Франсиско де Тавора принял решение перенести столицу из Олд Гоа под защиту стен крепости Мормугао.
В 1685 году уже вовсю велось строительство под руководством иезуитского священника отца Теотонио Ребело. Его рабочие на протяжении последовавших 20 лет возвели крепость, которая была, пожалуй, одной из самых больших среди всех фортов португальских колоний. Когда-то протяжённость крепостных стен Мормугао составляла около 10 километров, и на них имелось 24 башенных бастиона, вооружённых 54 пушками различного калибра. Здесь был большой гарнизон под командованием 4 офицеров, своя церковь, бараки для охраны, целых 5 тюремных помещений, 5 источников воды, один из которых содержал серные соединения и обладал лечебными свойствами, 3 оружейных склада и даже своя маленькая фабрика по производству пороха. Это был один из немногих гоанских фортов полностью спроектированный и построенный португальцами, в отличие от остальных, которые возводились на фундаментах более древних крепостей индийских правителей.
Спустя 20 лет после начала строительства - в 1703 году губернатор и вся администрация Гоа официально переехали в Мормугао.
В 1739 году, после трёхлетней военной кампании, португальцы были вынуждены оставить свой великолепный город-форт Бассейн в современном Мумбаи (Бомбее), более двух веков бывший северной столицей всех их индийских владений, и значение Олд Гоа, а вместе с ним и форта Мормугао, многократно возросло.
Со временем, однако, новые португальские губернаторы нашли форт Мормугао слишком изолированным местом для столицы, и в 1759 году перенесли её в Панаджи.
В 20 веке бывший дворец губернатора был переоборудован в отель. В 1943 году в нём останавливались британские секретные агенты, которым было приказано организовать диверсию против стоящих в формально нейтральных водах бухты Мормугао кораблей Третьего Рейха.
К огромному сожалению, до наших дней от грандиозного форта Мормугао практически ничего не сохранилось, кроме нескольких участков стены и бастионов. Даже местная церковь Дестерро, бывшая когда-то самым настоящим собором, сейчас представляет из себя всего лишь скромную часовню. В районах Байна и Харбор Берт №1 также можно видеть оставшиеся два из пяти источников питьевой воды форта.
